Зазвичай призначають по 1 таблетці тричі на добу. Тривалість лікування може варіювати від кількох днів (при порушенні процесу травлення внаслідок похибок у дієті) до кількох місяців або років (за необхідності постійної замісної терапії).
Крім того, Панкреатин можна застосовувати з профілактичною метою у разі вживання великої кількості важкої незвичної їжі (інструкція МОЗ України). Особливо така профілактика рекомендована тим, хто обмежує свій раціон саме через складність перетравлення деяких продуктів.
Повнолітнім та дітям від 6 років Панкреатин необхідно приймати внутрішньо по 1-2 драже під час або відразу після їди, не розжовуючи, запиваючи рясним кількістю води.