Препарат Протефлазід при застосуванні внутрішньо дозується за допомогою крапельниці. Необхідну кількість препарату накапати у воду (1-2 столові ложки), приймати за 10-15 хвилин до їди, а при лікуванні вірусних гепатитів через 1,5-2 години після їди..
Для дорослих препарат застосовують за схемою: 1 тиждень – по 5 крапель 3 рази на добу; 2-3 тиждень – по 10 крапель 3 рази на добу; 4 тиждень – по 8 крапель 3 рази на добу. Через 1 місяць після останнього прийому можна при необхідності повторити курс лікування. Максимальна добова доза прийому внутрішньо – 30 крапель (1.25 мл або 1015 мг).
Для лікування грипу та інших ГРВІ препарат застосовують від 5 до 14 днів, залежно від перебігу захворювання. З профілактичною метою препарат приймають 2-4 тижні в дозі, яка становить половину лікувальної дози. Під час епідемії прийом препарату можна продовжити до 6 тижнів.
Протефлазід у формі свічок використовують вагінально – 1 супозиторію 1 раз в день. За наявності інфекції, спричиненої вірусом папіломи або герпесу у поєднанні з бактеріальною або грибковою інфекцією, препарат використовують двічі на добу по 1 супозиторії.