Загальновизнаними вадами вегетаріанського харчування є дефіцит амінокислот, заліза, цинку, кальцію, вітамінів D і В12, поліненасичених Омега-3 жирних кислот, харчових волокон. Крім того, рослинний білок має малий амінокислотний склад і гірше засвоюється організмом.
До негативних сторін вегетаріанства спеціалісти відносять більш високий ризик розвитку анемії. При цьому йдеться насамперед не про залізодефіцитну анемію. Однією з головних загроз здоров'ю вегетаріанців і веганів вважається мегалобластна анемія, спричинена дефіцитом вітаміну В12.
При непродуманій дієті у дітей-вегетаріанців спостерігається залізодефіцит. Це з тим, що засвоєнню заліза заважають речовини, які у бобах і цільнозернових продуктах. Щоб рослинне залізо легше засвоювалося, підліток повинен отримувати багато вітаміну С та дві години після їжі уникати вживання кальцію.