Лляне насіння можуть викликати алергічну реакцію. Тому пробувати продукт уперше, слід з обережністю. Також важливо пам'ятати, що при порушеннях умов зберігання в насінні льону накопичується синильна кислота – речовина, яка при взаємодії з калієм утворює отруту.
Насіння льону протипоказане дітям віком до трьох років. Через жовчогінний ефект їх з обережністю слід вживати людям із жовчнокам'яною хворобою. Жінки з ендометритом, фіброміомою матки та полікістозом яєчником повинні зовсім відмовитися від цього насіння. Обмежити вживання повинні жінки, що годують груддю.
Але, якщо вживати їх у великій кількості, то насіння льону можуть завдати шкоди організму. Можуть з'явитись: розлад шлунка, проблеми зі стільцем, зайве газоутворення. Також надлишок насіння льону може вплинути на згортання крові. Акуратними слід бути і вагітним жінкам і в період лактації.
У народній медицині насіння льону відомо як хороший відхаркувальний засіб. Регулярне вживання в їжу насіння льону полегшує напади астми та сприяє полегшенню перебігу алергічних захворювань, покращує функції нирок, щитовидної залози, нормалізує гормональний баланс в організмі жінки.