Імперія була заснована в 1526 полководцем Бабуром, родом з Андіжана, сучасний Узбекистан, вимушеним разом зі своїми соратниками відкочувати з Середньої Азії на територію Індостану.
1761 року в битві при Паніпаті Ахмад-шах розбив маратхів. Проте афганці виявилися неспроможними утримати індійські території. Повстання сикхів, що почалося, призвело до того, що вони були витіснені з Пенджабу. Це означало, що державі Великих Моголів поступово приходив кінець.
Бабуру вдалося створити основу для Імперії великих монголів в Індії, яка проіснувала близько 300 років.