Склеродермія може вражати і органи. Найчастіше у патологічний процес залучається травний тракт. Першим уражається стравохід, через що людина страждає від дискомфорту при ковтанні, частої печії, почуття швидкого насичення. При пошкодженні кишечника з'являється постійне здуття та запори.
Для склеродермії характерні зміни шкіри, спочатку у вигляді припухлості, а потім у вигляді її стоншення та ущільнення. Шкіра виглядає натягнутою, блискучою (воченою), темнішою, ніж здорові ділянки, може турбувати свербіж. У деяких випадках зміни обмежуються шкірою пальців рук, рідше ніг (склеродактилія).
Первинними проявами склеродермії є набряк та ущільнення шкіри. При цьому набряк настільки щільний, що при натисканні на шкіру не залишається поглиблення. Процес починається з пальців рук і кистей та при прогресуванні переходить на шкіру передпліч, обличчя.
Системна склеродермія призводить до запалення шкіри, кровоносних судин, вражає суглоби рук та ніг, а також внутрішні органи. Захворювання системне склеродермією може мати багато різних видів, залежно від органів, які охопив патологічний процес.