Дихальна система – зябра. Кожна зябра складається з зябрових дуг, двох рядів зябрових пелюсток та зябрових тичинок. У костистих риб, На відміну від хрящових, немає міжжаберних перегородок, і зяброві пелюстки сидять безпосередньо на зябрових дугах.
У наземних хребетних зяброві дуги у процесі ембріонального розвитку трансформуються: верхні членики редукуються, а нижні – беруть участь в утворенні під'язикового апарату та перетворюються на хрящі гортані, трахеї.
Найбільша зяброва дуга – перша, називається нижньощелепною. З неї утворюються зачатки верхньої та нижньої щелеп, а також молоточка та ковадла.