T1/2 варіює, але зазвичай складає близько однієї доби (16–24 год). Близько 64% екскретується із сечею у вигляді метаболітів, менше 2% – у незміненому вигляді; решта виводиться з калом (ймовірно потрапляючи в нього з жовчю) у вигляді метаболітів, менше 1% – у незміненому вигляді.
При одноразовому прийомі 20-50 мг пароксетину максимальна концентрація у плазмі досягається через 5 годин; стійка концентрація при щоденному застосуванні через 1-2 тижні. Препарат метаболізується у печінці; активні метаболіти у своїй відсутні.
Побічні ефекти частіше з'являються на початкових етапах лікування (у перші 2 тижні) і зберігаються іноді протягом 3-4 тижнів терапії, а потім піддаються зворотному розвитку. При стійкіших і водночас виражених порушеннях показано зниження доз, а за необхідності — припинення терапії.
Паксил не слід призначати одночасно з інгібіторами МАО, включаючи лінезолід – антибіотик, який є оборотним неселективним інгібітором МАО та метилтіоніном (метиленовий синій), і не раніше ніж через 2 тижні після припинення лікування інгібіторами МАО (див. ВЗАЄМОДІЯ).