Перша дружина Ігоря Ніколаєва зараз живе в США, дочка Юлія одружена з американцем. Її спілкування з батьком ніколи не переривалося, зі своїми мачухами дівчина завжди знаходила спільну мову. Перша — Наташа — була старша за неї всього на п'ять років.
Ігор Ніколаєв тричі був одружений. Вперше композитор одружився 1978 року — з Оленою Кудряшовою, своєю колишньою однокласницею. Їхні стосунки тривали до 1991 року.
Дітей у пари немає. У звичайному житті Юрій Ніколаєв любить спорт та підтримує дружні стосунки з Леонідом Якубовичем.