У Покровського собору всього одинадцять куполів: дев'ять із них розташовані над церквами (за кількістю престолів), ще два перебувають над прибудовою Василя Блаженного та над дзвіницею.
Сім куполів знаменують для православних сім церковних обрядів, сім Вселенських соборів (зборів, на яких були прийняті основні християнські догми) та сім головних православних чеснот.
За припущенням російського письменника Миколи Чаєва (1824 – 1914), колір куполів пояснюється сном блаженного Андрія Юродивого (Константинопольського), якому здався Небесний Єрусалим із садами з безліччю квітучих дерев та плодів невимовної краси.
У 17 столітті було збудовано дзвіницю з шатровим куполом. Враховуючи цей купол, на храмі – 10 куполів. Північна церква освячена в ім'я Кіпріана та Устини, а пізніше – в ім'я святого Андріана та Наталії. Східну церкву освячено в ім'я Трійці.