У разі захворювань слизової оболонки порожнини рота розчин ротокану застосовують шляхом аплікацій (15-20 хвилин) або ротових полоскань (1-2 хвилини) 2-3 рази на день протягом 2-5 днів. Лікування пародонту проводять після видалення зубних відкладень і вискоблювання патологічних ясенних кишень.
Внутрішньо застосовують по 1/3-1/2 склянки розчину за 30 хв до їди або через 40-60 хв після їди 3-4 рази на день. Курс лікування 2-3 тижні. Мікроклізми з 50-100 мл розчину препарату застосовують після очисної клізми 1-2 рази на добу. Курс лікування 3-6 днів.
Полоскання горла має здійснюватися робочим розчином Ротокану (згідно з інструкцією, препарат має бути розведений у воді).
Максимальна добова доза становить 30 мл (6 чайних ложок). Місцево: при захворюваннях слизової оболонки порожнини рота водний розчин застосовують шляхом аплікацій (15-20 хв) або полоскань порожнини рота протягом 1-2 хв, 2-3 рази/добу. Курс лікування 2-5 днів.