Абсолютні протипоказання важкі форми неспецифічного виразкового коліту та хвороби Крона, при яких є небезпека прокидання, профузної кровотечі; спайкова хвороба; перитоніт; інші тяжкі захворювання, при яких проведення колоноскопії може викликати небезпечний життя стан хворого.
При цьому захворюванні колоноскопію призначають як додатковий метод діагностики прямої кишки. Протипоказанням до процедури є лише гостра стадія хвороби з вузлами, що кровоточать.
Знеболюючі препарати перед колоноскопією приймати не потрібно. Після виконання колоноскопії не потрібно дотримання будь-якої особливої дієти.