Птахи ніжно торкаються один одного дзьобами і кладуть свої голови на плечі партнеру і виглядають, ніби пінгвіни обіймаються. Коли танець закінчується, самка лягає на землю, приймаючи позу, що запрошує. Самець підіймається їй на спину та птахи спарюються.
Імператорські пінгвіни починають розмножуватися у травні — червні, коли в місцях їх проживання температура опускається нижче −50 °C, а вітер дме зі швидкістю до 200 км/год.
Яйця відкладають у грудні-січні, при цьому в кладці одне яйце. Самка відкладає яйце собі на лапи і прикриває складкою на череві. Потім насиджування включається і самець. Тривалість насиджування 54 дні.