Люди та тварини заражаються енцефалітом через укуси іксодових кліщів. Кліщ – переносник вірусу кліщового енцефаліту. Ixodes persulcatus, самка. Носії вірусу за статистикою є шість кліщів зі ста (при цьому захворіти від зараженої особи можуть від 2 до 6% укушених людей) залежно від регіону.
Вірус в цілому досить чутливий до зовнішніх факторів середи – він досить швидко гине при нагріванні до 60 ° С протягом 10-20 хвилин, при кип'ятінні – через 2 хвилини. Швидко руйнується під впливом дезінфектантів. У молоці та молочних продуктах зберігається до 2 місяців.
Захворювання кліщовий енцефаліт розвивається протягом 2 – 3 тижнів. Можливе зараження і при роздавлюванні кліща на шкірі через невеликі шкірні ранки і мікротравми вірус швидко проникне в кровотік.