З 1897 року селище носило назву Паратський затон (Паратськ), а з 1928 року – робоче селище Зелений Діл. У 1932 перетворено на місто Зеленодольськ. З кінця XIX століття затон став місцем зимівлі та ремонту річкових суден, що поклало початок Зеленодольському суднобудівному заводу (нині Зеленодольський завод ім. Ілліча).
Місто Зеленодольськ, що за 38 км від столиці Республіки Татарстан, 2013 року прославилося відразу: саме звідси родом виконавиця Діна Гаріпова, яка удостоїлася честі представляти Росію на міжнародному музичному конкурсі “Євробачення-2013”.
Засновником його вважають пустельника Філарета, який влаштувався в XVII столітті на Сумському (Раїфському) озері. Дізнавшись про святе життя пустельника, на це місце стали стікатися охочі до порятунку. За життя Філарета встигли побудувати тільки каплицю, але вже через два роки після його смерті монастир отримав офіційне визнання.